如何向NCBI提交序列?


向NCBI提交序列常用的程序有两个,一个是在线提交的BankIt,一个是用软件Sequin。用那种办法,根据不同的需要。
BankIt:(在线提交页面:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt/index.html)

  1. 适合单个或少量几个的提交
  2. 喜欢用在线的方式提交,无需下载个软件
  3. 你的序列的注释不复杂
  4. 提交你的序列时不需要用到序列的分析

Sequin(下载页面:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html)

  1. 提交的是批量而且比较复杂的序列
  2. you are submitting mutation, phylogenetic, population, environmental, or segmented sets
  3. 喜欢图形的界面,有更的选项和功能,可以批量修改
  4. 获得相关的分析工具

这里简单介绍一下在线提交序列程序BankIt,Sequin也是大同小异的。

1,过入GenBank

genbank

2,左栏点击Submit to GenBank

genbank2

3,左边出现几个工具的选择,点击BankIt。在BankIt提交页面的最下面,填上你要提交的序列的长度,点New

 

bankit

4,点New后,会生成一个bankit号,记住这个号。下面根据需要填写一些必需的内容。名字啊,序列之类的

bankit2

5,填好资料后,你可以保存一份在你的电脑。如果确认无误,点提交(Validate and continue)

bankit3

6,如果你填的资料有误,或漏填了。就会有ERROR的提醒。像名字,电话,Email,序列等都是必须的。

bankit4

最后NCBI会给您发个邮件,等过几个月后如果没有问题就能得到您的登录号了,如果有问题NCBI会邮件和您联系。如果是用Sequin,填好资料过程中可以随时保存,最后你只需把最后确认的文件向NCBI发封邮件就可以了。

差不多就是这样,其它细节问题。自己琢磨琢磨去。


11条回应:“如何向NCBI提交序列?”

  1. 柳城博客:
    您好!
    我现在正在做测序实验,想把序列提交到NCBI,但是网上的信息不知道怎么填。其中有一个First citation associated with sequence:
    Note! Please provide a title regardless of publication status.
    中文意思是不是即使还没发表文章,也要写上一篇引用的文章题目?这里的引用的文章题目指的是什么?您能不能帮我解答一下?谢谢!

  2. 还有一个问题:
    Source Modifiers和Primer Information后面都有一个Value,这个Value是评估什么?应该怎样填?
    请您帮我解答一下,谢谢!

  3. 柳城博客:
    您好!
    我现在正在做测序实验,我把我的ITS输入NCBI做BLAST得到很多序列,比对结果碱基序列长度不一样。我选取了其中几个排名个靠前的序列用clustalX比对后,再用MEGA做进化树,结果发现我的序列跟其他的任何一只序列都不在一只分支上,单独成一只孤独的树枝,然后我就用Genedoc对这几个序列进行比对,发现我的序列跟其他的序列同源性很底,但是做BLAST的时候MAX indent 能够达到99%.请问这是为什么,如何再来做我的进化树!
    谢谢了

    • blast结果只看MAX indent是严重不够的,比方你的序列有1000bp, 但只有100bp完全匹配,那MAX indent的值也是100%啊. 重要的是E值,越小越好.
      另外你做blast要多做几个blast库.仅靠一次blast,一个blast库,是不够的.

  4. 柳城博主:

    您好!收到您的回复万分高兴,同时也有些新的问题向您请教。您回复中提到“做blast要多做几个blast库.仅靠一次blast,一个blast库,是不够的.”具体是何意思,应该怎么做麻烦具体告知为感。

    我现在正在做利用分子方法进行微生物菌种鉴定实验,我把我的ITS输入NCBI做BLAST得到很多序列,比对结果碱基序列长度不一样。我选取了其中几个排名个靠前的序列用clustalX比对后,再用MEGA4.1软件,NJ法构建的进化树,现在把系统进化树结果发给您看看帮我分析下构建的树是否正常。请给予帮助,万分感谢!邮件发到你的zhengchengliu@gmail.com

  5. ERROR: The Middle Initials require periods after each initial if more then one is entered.
    在线提交序列时,出现以上错误提示,为什么,请问如何解决

  6. 你好!
    怎样查找自己或其他人提交的所有序列啊?最近找了很多方法,都不行。谢谢了

  7. 柳城博主:
    您好,我现在刚刚接触这一块,原来师兄在NCBI上面上传了一个基因的部分片段,现在我需要把剩余的补充完整,但是我不是很清楚如何在上面更新基因序列,是重新申请登录号,还是在其基础上更新…..希望给予帮助,万分感谢!!!