COBALT是一个蛋白的多序列比对工具,也用到RPS-BLAST, BLASTP, 和PHI-BLAST等工具,并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。关于在线COBALT的用法看另一篇文章” COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大的工具) ”。
这里再讲解如何构建本地的COBALT多序列比对,在Linux系统的配置步骤如下:
1.登陆Ftp:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/cobalt/,下载cobalt里的所有文件
ncftp /pub/agarwala/cobalt > ls cdd.aux cdd.freq cdd.phr cdd.psd cdd.psq cobalt.linux README cdd.blocks cdd.loo dd.pin cdd.psi cdd.rps patterns README.cobalt
2.设置全局变量:setenv COBALT ,这里不设置也是可以的。下面直接用全路径就是
3.准备你所要比对的蛋白序列(Fasta格式)
4.运行的代码如下($COBALT也可以用全路径代替):
$COBALT/cobalt.linux -db $COBALT/cdd \ -b $COBALT/cdd.blocks -i \ -p $COBALT/patterns -f $COBALT/cdd.freq
5.输出的结果是Fasta格式。
查看详细说明,用
$COBALT/cobalt.linux –help
更详细的说明文档看cobalt文件夹里的README.cobalt。
《“如何用COBALT构建本地的多序列比对(Linux系统)”》 有 2 条评论
cobalt.Linux在linux系统下显示的不是可执行文件,貌似又没有地方能编译的?
[…] 另一篇预告:如何用COBALT构建本地的多序列比对(Linux系统) […]